O Papa João XXIII manteve igualmente grande estima pelo Servo de Deus; depois de ter convocado o Sínodo Diocesano de Roma e o Concílio Ecuménico Vaticano II, em 25 de Janeiro de 1959, e a reforma do Código de Direito Canónico, apelou às orações de todos para o sucesso destas três iniciativas. No dia 19 de março, Monsenhor trouxe cerca de três mil doentes diante do Papa para garantir a oferta de oração e sofrimento pelas suas intenções. Naquela ocasião, o Papa, proferindo o discurso sobre a penitência, concordou em dar a interpretação autêntica da penitência, tal como o Monsenhor a havia apresentado.