Il 27 novembre 1955, Monsignor Luigi Novarese viene nominato “Addetto della Segreteria di Stato”. Un percorso iniziato il 1 maggio 1942 quando, l’allora Sostituto della Segreteria di Stato, Monsignor Giovanni Battista Montini, futuro Paolo VI e santificato da papa Francesco nel 2018, lo chiama a lavorare con lui in Segreteria di Stato. Si erano conosciuti all’Almo Collegio Capranica e Montini aveva fiducia in Novarese, chiamandolo a lavorare con se nel pieno della Seconda Guerra Mondiale. Si legge nella biografia “Lo Spirito che cura il corpo” di Mauro Anselmo: “Il primo incarico assegnato a don Luigi consiste in una serie di missioni nel Nord Italia. In molte parrocchie la situazione è insostenibile: preti ammalati o feriti, chiese semidistrutte e danneggiate, fame, povertà, persecuzioni. C’è bisogno di aiuto, medicine, denaro. Montini convoca il sacerdote. Con delicatezza e signorilità, com’è nel suo stile, spiega il problema e gli propone l’incarico che, in realtà, al di là delle apparenze e del tono conciliante, è un ordine. “Si tratta di raggiungere le diocesi più colpite e consegnare ai vescovi gli aiuti del Santo Padre. Te la senti?”, domanda monsignore, “Guarda che è un incarico pericoloso”. Don Novarese risponde con un cenno affermativo del capo, si prepara e si mette in viaggio. Raggiunge le diocesi, incontra i pastori, li conforta, consegna gli aiuti e riparte. Qualche giorno dopo, quando se lo vede ricomparire davanti, il suo superiore tira un sospiro di sollievo. Il secondo incarico è altrettanto delicato: presso l’Ufficio Cifra. Ossia la struttura che consente alla Chiesa, presente in ogni nazione e in grado di disporre di una capillare rete di informazioni, di raccogliere e selezionare in tempi brevi le notizie che possono rivelarsi vitali per la salvezza dei civili e per l’azione diplomatica a favore della pace”. Dall’Ufficio Cifra passa poi a lavorare all’Ufficio Informazioni per la ricerca dei soldati e dei civili prigionieri o dispersi. E’ lì che matura in sé la volontà di dare vita alla sua prima iniziativa apostolica: la fondazione della Lega Sacerdotale Mariana che fonderà il 17 maggio 1943.

L’Opera di Monsignore procede spedita con la fondazione del CVS prima e dei Silenziosi poi, sempre durante il suo ministero in Segreteria di Stato vaticana dove rimarrà sino al 1970.

Nel 1962 viene temporaneamente dispensato dal lavoro quotidiano in Segreteria per dedicarsi a una missione speciale: sviluppare un’azione spirituale negli ospedali italiani. Questa missione, affidatagli dalla Conferenza Episcopale Italiana, diventerà stabile e lo porterà, dal 1964 al 1977, a ricoprire il ruolo di Direttore dell’Ufficio per l’assistenza spirituale ospedaliera. In quegli anni darà un forte impulso alla pastorale ospedaliera per come la conosciamo oggi.

Monsignore, infine è stato il primo beato della Segreteria di Stato.